ฮอนด้า อาร์แอนด์ดี เอเชีย แปซิฟิค (HRAP) ถือกำเนิดขึ้นจากเจตนารมณ์ที่ฮอนด้า ต้องการส่งมอบความยินดีให้กับลูกค้าและสังคม ผ่านทางผลิตภัณฑ์อย่างเป็นรูปธรรมให้ชัดเจนมากยิ่งขึ้น โดยได้ขยายเครือข่ายการดำเนินธุรกิจออกไปทั่วโลก พร้อมทั้งก่อตั้ง “หน่วยงานวิจัยและพัฒนา” ขึ้นในแต่ละภูมิภาค เพื่อสร้างความใกล้ชิดกับลูกค้าและเข้าใจถึงวัฒนธรรมประเพณีของแต่ละท้องถิ่น เพื่อช่วยลดข้อจำกัดต่าง ๆ และสามารถพัฒนาผลิตภัณฑ์ที่มีลักษณะเฉพาะ ตรงกับความต้องการของลูกค้าในแต่ละภูมิภาคได้รวดเร็วยิ่งขึ้น
ปี พ.ศ. 2503 หน่วยงานวิจัยและพัฒนาได้แยกตัวออกจากบริษัท ฮอนด้า มอเตอร์และก่อตั้งเป็นบริษัท ฮอนด้า อาร์แอนด์ดี จำกัด เพื่อให้กลายเป็นหน่วยงานอิสระในฐานะศูนย์วิจัยและพัฒนา เพื่อสร้างสรรค์นวัตกรรม และผลิตภัณฑ์ที่ตอบสนองความต้องการของลูกค้าได้อย่างคล่องตัว และมีประสิทธิภาพสูงสุด โดยได้ขยายออกไปใน 5 ภูมิภาคทั่วโลก ได้แก่ อเมริกาเหนือ อเมริกาใต้ ยุโรป จีน และเอเชียโอเชียเนีย
ปี พ.ศ. 2537 หน่วยงาน ฮอนด้า อาร์แอนด์ดี ประเทศไทย ได้ถูกก่อตั้งขึ้นโดยเป็นส่วนหนึ่งของบริษัท ฮอนด้า ออโตโมบิล (ประเทศไทย) จำกัด เพื่อช่วยสนับสนุนการผลิตรถยนต์ในภูมิภาคเอเชีย และพัฒนาชิ้นส่วนอะไหล่ภายในประเทศ
ต่อมาในปี พ.ศ. 2548 บริษัท ฮอนด้า อาร์แอนด์ดี ประเทศไทย ได้กลายเป็นหน่วยงานอิสระ และถูกยกระดับขึ้นเพื่อให้เป็นศูนย์กลางการออกแบบวิจัยและพัฒนารถยนต์ สำหรับลูกค้าใน 12 ประเทศทั่วภูมิภาคเอเชีย และโอเชียเนีย โดยได้เปลี่ยนชื่อเป็น บริษัท ฮอนด้า อาร์แอนด์ดี เอเชีย แปซิฟิค จำกัด ทั้งนี้เพื่อรองรับความต้องการที่หลากหลาย และขยายตัวอย่างรวดเร็วของลูกค้า พร้อมทั้งสร้างความแข็งแกร่งให้กับฝ่ายวิจัยและพัฒนารถยนต์ฮอนด้า
ปี พ.ศ. 2552 ฮอนด้า ได้จัดตั้งฝ่ายวิจัยและพัฒนารถยนต์ขึ้น ภายในบริษัท ฮอนด้า ซีล คาร์ อินเดีย จำกัด โดยทำหน้าที่สำรวจ และวิเคราะห์โอกาสทางการตลาดเพื่อเพิ่มศักยภาพและสร้างความแข็งแกร่งด้านการพัฒนาผลิตภัณฑ์ในประเทศอินเดีย ทั้งนี้ด้วยความร่วมมือและประสานงานช่วยเหลือจากบริษัท ฮอนด้า อาร์แอนด์ดี เอเชีย แปซิฟิค จำกัด
ปี พ.ศ. 2555 ฮอนด้า ได้จัดตั้งหน่วยงาน อาร์แอนด์ดี ในประเทศอินโดนีเซียและประเทศมาเลเซีย และต่อมาในปี พ.ศ. 2556 ฮอนด้า ได้ยกระดับสถานะหน่วยงาน อาร์แอนด์ดี ในประเทศอินโดนีเซีย ขึ้นเป็นบริษัท PT ฮอนด้า อาร์แอนด์ดี อินโดนีเซีย เพื่อช่วยในการบริหารจัดการโครงสร้างการพัฒนาผลิตภัณฑ์ในท้องถิ่นให้มีประสิทธิภาพและรวดเร็วยิ่งขึ้น